市都会打点局设办公室、政策法规处（执法监察处）、科技信息处（市场打点处）、市容景观打点处、城乡环境卫生打点处、市政打点处、绿化打点处、爱国卫生打点处、打算财政处、组织人事处、宣传教育处11个内设机构，挂市都会打点行政执法局牌子，为市政府工作部分。

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负担都会综合打点的责任，按照《中共江苏省委江苏省人民政府关于印发〈南京市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕63号）和《中共南京市委南京市人民政府关于南京市人民政府机构改革的实施意见》（宁委〔2010〕43号）， 南京市都会打点局是人民政府的职能部分。